Joaquín Archivaldo Guzmán Loera sinh ra trong một gia đình nghèo ở cộng đồng nông thôn La Tuna, Badiraguato, Sinaloa, Mexico. Anh sinh ngày 4 tháng 4 năm 1957. Cha mẹ anh là Emilio Guzmán Bustillos và María Consuelo Loera Pérez. [32] Ông bà nội của anh là Juan Guzmán và Otilia Bustillos, và ông bà ngoại của anh là Ovidio Loera Cobret và Pomposa Pérez Uriarte. Trong nhiều thế hệ, gia đình ông sống tại La Tuna. Cha anh chính thức là một chủ trang trại gia súc, như hầu hết trong khu vực nơi anh lớn lên; theo một số nguồn tin, tuy nhiên, anh ta cũng có thể là một người nông dân trồng cây thuốc phiện. Anh ta có hai em gái tên Armida và Bernarda và bốn em trai tên Miguel Ángel, Aureliano, Arturo và Emilio. Anh ta có ba anh trai giấu tên đã chết vì nguyên nhân tự nhiên khi anh ta còn rất trẻ. Vài chi tiết được biết về sự giáo dục của Guzmán. Khi còn nhỏ, anh bán cam và bỏ học từ năm lớp ba để làm việc với cha. Anh ta thường xuyên bị đánh đập, và đôi khi anh ta trốn đến nhà bà ngoại của mình để thoát khỏi sự đối xử như vậy. Tuy nhiên, anh đã đứng lên để cha mình bảo vệ những đứa em của mình khỏi bị đánh. Có thể là Guzmán phải gánh chịu cơn thịnh nộ của cha mình vì đã cố ngăn ông ta đánh họ. Tuy nhiên, mẹ anh là "nền tảng hỗ trợ cảm xúc" của anh.